یکی دیگر از حوزه‌های اصلی فعالیت ARWEO، بخش صحت (بهداشت و درمان) است. این سازمان طی ۱۷ سال گذشته عمدتاً در این بخش فعالیت داشته و امروزه در مقایسه با سایر سازمان‌های غیردولتی (NGO) محلی فعال در افغانستان، از تنوع عملکردی بیشتری برخوردار است. کارکنان صحی در افغانستان در خط مقدم خدمت‌رسانی قرار دارند و ARWEO با ارائه کمک‌های تخنیکی به وزارت صحت عامه (MOPH) جهت تقویت نظام صحی و همچنین داشتن تفاهم‌نامه همکاری با این وزارتخانه، نقش مهمی ایفا می‌کند. این سازمان دارای کلینیک‌های صحی سیار در ولایات مختلف است و خدمات حمایت روانی-اجتماعی (MHPSS) را نیز به گروه‌های هدف در مناطق گوناگون ارائه می‌دهد. علاوه بر این، ARWEO اقدام به احداث ساختمان‌های کلینیک صحی در نقاط مختلف کرده است. این سازمان با تکیه بر حمایت‌های مختلف، همچنان برای دستیابی به کیفیت و تعالی در بخش صحت تلاش می‌کند تا بتواند سراسر افغانستان را تحت پوشش قرار داده و به نیازمندان خدمت‌رسانی کند.